统筹基金支付前，参保人员均要过一道“门槛”，即须个人先负担一定数额的医疗费用必达到一定数额，称为统筹基金的起付标准，超过标准的费用才能由统筹基金按比例支付。
“门槛”标准定为上年度职工平均工资的10％左右，按医疗机构不同等级划分（武劳社[2003]148号）：一级医疗机构由500元调整为400；二级医疗机构700元调整为600；三级医疗机构900元调整为800。设置适当的起付标准，是在一定程度上防止“门诊挤住院”、“小病大养吃统筹”等问题。
通过一道“门槛”，引导患常见病、多发病的患者到二级医院和基层医院就诊，促进医疗机构的竞争，充分合理利用医疗卫生资源。定点医疗机构基本医保住院医疗费用定额结算标准相应进行调整：三级综合医疗机构定额结算标准2580元；二级1800元；一级1403元；各专科定点医疗机构定额结算标准在原基础上增加80元。
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