企业为职工支付的补充医疗保险金不属于免税项目，应当征收个人所得税。补充医疗保险因为是合并到个人当月工资中，一起进行个人所得税的缴纳，所以其缴纳的计算方式就是个人所得税缴纳方式。
根据目前的普遍做法，各地社会保险基金管理中心并不负责补充医疗基金的管理，通常作法是企业委托商业性保险公司代为管理或由企业自行管理。如果企业将补充医疗保险委托商业性保险公司管理，则应当在保险公司落到被保险人的保险账户时代扣代缴个人所得税。
《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》规定，企事业单位按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，是可以免征个人所得税的；个人按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，可以在个人应纳税所得额中扣除。企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应该将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入征纳个人所得税。在该文件规定的免税项目中，并不包括补充医疗保险，因此，补充医疗保险个税也是要缴纳的。
关于补充医疗保险个税，也并不是全部都要缴纳。北京市基本医疗保险规定中就明确规定，企业补充医疗保险费在本企业职工工资总额的百分之四以内的部分，可以列入成本并准予税前扣除。很多企业在平安保险商城中为员工购买了小微企业团体意外险。平安团体意外险提供因意外事故造成的伤害、身故、残疾以及意外医疗保险金，并有意外住院误工和护理津贴，还提供电话医疗服务和医疗费用垫付服务，是社会基本医疗的极好补充，虽然属于商业补充保险，但并不用缴税，是企业为员工提供的最好福利。
超出员工工资规定比例部分的补充医疗保险个税缴纳按照目前的普遍做法通常是企业委托商业保险公司代管，那么应当在保险公司落到被保险人的保险账户时由企业代扣代缴个人所得税，即和工资收入一起，由公司代交即可。
