关于新农村合作医疗的报销比例，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。下面以某乡镇为例看一下相关规定。

　　1、门诊补偿：

　　(1)村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。

　　(2)镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。

　　(3)二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。

　　(4)三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。

　　(5)中药发票附上处方每贴限额1元。

　　(6)镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。

　　上海市宝山区规定，门急诊在不同医疗机构就诊新农村合作医疗报销比例如下：

　　(1)在村卫生室就诊报销比例不低于80%;(2)在社区卫生服务中心就诊比例不低于70%;(3)在二级医院就诊报销比例不低于60%;(4)在三级医院就诊报销比例不低于50%;(5)各镇设置全年累计最高报销限额不低于5000元。

　　住院及门诊大病在不同医疗机构治疗报销比例：

　　(1)在区约定医院就诊并执行后付制的：社区卫生服务中心或二级医院报销70%、三级医院报销65%;(2)在区外三级(专科)医院就诊的报销55%;(3)在区约定医院就诊未执行后付制的，报销比例在原基础上相应下降10%;(4)对70岁以上参保人员的报销比例在原享受报销比例的基础上再相应提高10%;(5)全年累计报销最高限额6万元。对全区60岁以上老年农民参加合作医疗的，由政府出资减免其个人缴费部分的50%，以减轻老年农民的经济负担。凡参加合作医疗的农民在区内医疗机构就诊，凭有效验证的《门急诊就医记录册》，其就诊的门诊诊查费全免。参保人员住院医疗费用报销累计达到6万元时，参保人员根据合作医疗的相关政策，还可享受区合作医疗医疗减负和合作医疗风险救助。

　　3、大病补偿(1)镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。

　　镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。