其三，从财政奖补入手，鼓励整合。即从多个方面，各级财政对实现基本医疗保险整合的，给予更多的奖励和补助。重点奖励或补助以下几个方面：
第一是奖励保险关系的衔接。即建立顺畅的基本医疗保险关系转移制度，实现基本医疗保险待遇的无缝衔接。在基本医疗衔接方面：一是要重点解决新农合与居民医保，包括与职工医保之间的保险关系转移问题，实现基本医疗保险待遇的无缝衔接。如大学生参加居民医保，回乡后，保险关系要转移到新农合；农村儿童在家参加新农合，到县城上学要能顺畅转移到参加居民医保；农民进城务工，要能转移到参加当地居民医保或就业后参加企业职工医保等等。二是要解决部分地区新农合与居民医保的保险年度不一致造成的保障“空当”或“阶段性重复参保”问题，实现真正的“无缝衔接”。三是要明确即使同时参加新农合和居民医保，也不能重复报销，以化解和消除重复参保的经济推动力。
第二是奖励外部政策的趋同。即把基本医疗保险制度和执行系统作为一个整体，与参保人群直接相关的政策作为外部政策，主要有缴费标准、补偿比例和标准等，重点实现农民、居民虽然参加不同的保险，但缴费标准相同、报销范围和比例等均相同，至少是没有明显的差距，从而消除新农合和居民医保在待遇上的差异。
第三是奖励内部政策的整合。即逐步统一相关的医疗制度，重点根据新农合和居民医保的不同特点，从经办管理体制、基本医疗服务提供、药品目录、村镇卫生医疗机构建设、体检等各个方面，消除新农合和居民医保之间的不同或差距。由卫生部门牵头消除卫生医疗专业方面的差距，由人力资源和社会保障部门负责消除医疗保险制度方面的差距；其他差距，可以暂时自行决定，留待整合时自动消除。
第四是奖励更高层次的统筹。基本医疗保障制度的更高层次的统筹，即促使实现市级统筹，甚至省级统筹，用更高层次的统筹，用统筹奖励来引导和提高各地整合动力。整合和提高统筹层次，还要考虑确保实现地域间保险关系随人员流动而自由流动、转移和接续，包括异地就医的医疗费用可刷卡结报等。
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