医疗保险基金自身的管理也应进一步完善。一方面，应进一步加强社会监督和公众参与，提高基金使用和管理透明度；另一方面，应进一步调整完善有关基金管理办法，解决一些地方医保资金沉淀问题，更好地保护参保人权益，提高医保资金使用效率。近些年来，对于医疗保险中所设立个人账户的目标、功能、效果等一直有不同看法，建议组织力量认真研究，逐步调整、完善。
（六）有效发挥对供方投入的保障功能。党中央、国务院颁布的《关于深化医药卫生体制改革的意见》提出，政府对卫生事业的投入“兼顾供给方和需求方”。按照这一原则。除三项基本医疗保险制度外，通过政府直接投入，分担医疗卫生成本也是重要的保障方式。在这方面，未来需要着重解决两个方面的问题：一是调整公共资金投向，逐步扭转相当一段时期以来一些地方重基本建设投入，忽视日常运转投入的倾向，避免可能发生的“公共投入加重公众负担”问题，通过加大运转投入，合理分担成本，体现医疗卫生服务的公益性。二是建立公共投入与产品及服务价格调整之间的联动机制，首先确定公益性目标，然后核定成本、投入总量及最终服务和产品价格，让公共投入真正转化为公众福利。
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