（一）两者的基本属性不同城镇居民医疗保险是公益性、福利性事业。商业性医疗保险属于商业性质，以盈利为目的。
（二）两者保险费筹集方法不同前者由中央财政、地方财政、个人共同负担，个人按照一定比例以保险费的形式缴纳。后者费用完全由参保人承担，中央和地方财政不予分担。
（三）两者的管理制度不同前者由政府主导，各地医疗保险经办机构具体管理，出现亏损后，由财政兜底。后者由金融机构主导，由商业保险公司具体承办，保险公司作为相对独立的经济实体，实行自主经营、自负盈亏的核算制度。
（四）参保人参加保险的条件不同前者的参保条件没有什么特殊规定，无论是健康人还是有病的人都可以参加该保险(具体规定详见城镇居民医疗保险制度的相关文件)。后者的参保条件以保险公司的规定为准，只有具备参保条件的人，保险公司才接受其参保。
（五）保障水平不同前者按照所发生医疗费的一定比例给予补偿，不以个人缴纳的保险费用多少核定，具有社会互济和福利性质；而后者则一般按照缴纳的保费标准给予一定的经济补偿，个人缴纳保费和补偿金额相关联。保险公司根据保险的大数原则来具体操作，具有商业性的经济补偿行为。
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