第十七条市社会保险机构与定点医疗机构若干病种或治疗项目（如心外科手术病种、心血管介入检查治疗、分娩及产后访视、计划生育手术等）按病种或治疗项目费用偿付标准结算，结算方式和标准在《深圳市社会保险基金管理局与定点医疗机构协议书》中规定。
第十八条市社会保险机构与部分定点医疗机构签定协议，对长期住院的精神分裂症病人的基本医疗费用实行费用包干结算。每名患者包干费用总额在《深圳市社会保险基金管理局与定点医疗机构协议书》中确定。计算公式为：应付住院费用偿付总额=每名患者包干费用总额×患者人数×95%。
第十九条农民工医疗保险参保人经核准转诊到市内或市外医疗机构发生的住院医疗保险费用，市社会保险机构参照协议平均住院人次费用标准，按服务的单元结算方式与定点医疗机构结算，实行按月偿付、超支分担的形式，即实际平均记账费用低于协议平均住院人次费用标准的按实际费用支付；高于协议平均住院人次费用标准的，按协议平均住院人次费用标准支付，超出部分，由市社会保险机构与转出的结算医院按9∶1的比例分担。
第二十条定点医疗机构、定点零售药店的医疗费用中，经社会保险机构核实属违规费用的，从下月应当偿付的费用中扣除。
第二十一条定点医疗机构划分为三级医院、二级医院、一级医院以及其他医疗机构（如门诊部、企事业单位的卫生所（室）和社区健康服务中心）等级别。
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