引起先天性心脏病的原因很多，可能和母亲怀孕期间的健康和营养状况有关，母亲在怀孕的最初3个月内患病毒感染，如风疹、流行性腮腺炎、流感等，可能影响胎儿的心脏和大血管的发育，形成先天性心脏病或同时合并有其他方面的畸形。母亲怀孕期间患有内分泌疾病；接受放射线的照射或其他药物、毒物的作用，也可能引起胎儿心血管的畸形。另外，高原地区缺氧的环境、家族、遗传因素等，也可能是发生的原因。
引起小儿心脏发育畸形的根本原因，目前仍不十分清楚，但归纳起来肯定和以下几个因素有关：
一、胎儿心脏某部分发育到较低的阶段即停止，或由于发育的过程中发生了轴转的错误，如大血管易位。
二、小儿出生后，仍长期留存一部分胎儿期所需要的特殊心血管通路，如动脉导管未闭等。
三、母亲的疾病往往影响胎儿发育，母亲在妊娠最初3个月内被病毒感染，尤其是风疹病毒，则小儿易发生心脏畸形。
四、母亲在怀孕期间吃了某些药物，也可以导致胎儿心脏畸形。
五、某些可导致先天性心脏病的遗传因素。
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