新目录分西药、中成药和中药饮片3部分。基本医保、工伤保险和生育保险基金均准予支付费用的西药品种1266个，中成药1217个（包括民族药51个）；仅限工伤保险基金准予支付费用的西药品种30个；仅限生育保险基金准予支付费用的西药品种7个。新目录中的药品分甲、乙类。
甲类药品使用时参保人员不需要先行负担部分费用；乙类药品使用时需要先行负担部分费用，其余部分纳入医保基金支付范围。新目录中，部分药品限定了支付范围，有些药品仅限于工伤保险基金支付，有些仅限于生育保险基金支付。
针对目前全面实施的城乡居民医保中的儿童医保，此次目录中也包含了一部分儿童药品，这些药品在名称前冠有“儿童”“小儿”“婴幼儿”“儿童用”“小儿用”等，只限儿童使用时支付。适用于儿童的药品多为口服液体剂型、颗粒剂、口服散剂等。
对于门诊和医保药店中销售量较大的非处方感冒类用药，药品目录中也包含了近百个品种。如市民常选用的：氨酚美伪麻片、复方银翘氨敏胶囊、氨咖麻敏胶囊、复方甘草氯化铵糖浆等。
