支付方式改革，是公立医院改革的重点，关系到医药费用控制、医务人员激励机制、医院管理体制等多个方面。其推进难度可想而知。
2012年，北京市在市属5家医院试点公立医院改革。其中，同仁医院与友谊、朝阳、积水潭四家医院一起承担着试点总额预付的任务。总额预付，是支付方式改革的内容之一。
“总额预付”，是指根据一定区域内参保人数、年均接诊总人次数、次均接诊费用水平，测算一定区域内年度统筹补偿控制总额，经办机构定期预拨，实行总额控制、包干使用、超支分担的支付方式。这种支付方式会以前期医院总支出为依据，在剔除不合理支出后按年度拨付医院费用总额。
在同仁医院院长伍冀湘看来，总额预付的主要目标是控制医药费用的不合理过快增长。但对于医院而言，实现这个目标则要在医院的管理方面做出很大改进。
在试点的过程中，同仁医院与其它几家试点医院一样，都超过了医保设定的管理指标，尽管比例并不高。但这样的结果，仍不符合总额预付制度本身的意义，即鼓励医院降低成本，以在总额的空间内获得更多结余。
不过，这样的结果并不能完全归咎于医院。包括以药补医机制、患者过度集中于大医院等问题的存在，使医院很难仅仅依靠总额预付而彻底实现控费的目标。事实上，正是因为同仁医院没有一味追求经济效益，所以至今没有发生过推诿病人等问题。
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