建设工程社会保障费由建设单位在工程开工前按工程项目造价中规定的费率一次性缴清，不得减免。具体手续如下：
（1）建设单位携带中标通知书和投标预算到市工程
社保费征管处相应征收点计算应缴金额，领取银行进账单。
（2）建设单位到其开户银行直接办理划缴手续。
（3）建设工程社会保障费到帐后，建设单位携带银行进账单回执到市工程社保费征管处相应征收点换领建设工程社会保障费预收款收据和“建设工程社会保障费缴纳证明”（作为办理施工许可的凭证）。
建设工程社会保障费由施工总承包企业携带《南京市建设工程社会保障费结算证书》、建设工程社会保障费预收款收据第四联、经施工单位财务部门盖章的“建设工程社会保障费预收款结算单”等相关资料按下述顺序和用途在各工程项目社会保障费的征收额度内结算使用：
（1）工程项目开工时，由征管机构直接划缴工程项目施工作业人员（农民工）的工伤、大病
医疗保险费，汇缴到市
社会保险基金专户；
（2）工程施工期间，施工企业通过其它渠道为参与工程项目建设的各类从业人员办理有关社会保险的，可持《社会保险登记证》申请结算，依据实名制管理情况按一定比例向施工企业拨付；
（3）工程项目竣工验收后，上述社会保险费支出后的余额及银行活期利息，由征管机构一次性拨付给施工企业。
为确认施工企业结算建设工程社会保障费的主体资格，协助施工企业加强对建设工程社会保障费的结算管理，在宁施工企业均须向市工程社保费征管处申领《南京市建设工程社会保障费结算证书》，作为施工企业办理建设工程社会保障费结算、退款的必备资料。申领《南京市建设工程社会保障费结算证书》时须提供以下资料：按要求填写的《南京市建设工程社会保障费结算证书》申请登记表（可网上下载）、申办企业营业执照、税务登记证、组织机构代码证复印件，并交验原件。
工程项目竣工后，由施工总承包单位办理社会保障费的竣工结算手续，需携带以下资料：（1）《南京市建设工程社会保障费结算证书》；（2）南京市建设工程社会保障费预收款收据第四联原件；（3）建设工程社会保障费预收款结算单（加盖财务专用章，可网上下载）；（4）、南京市建设工程社会保障费竣工结算申请（加盖法人单位公章，可网上下载）；（5）工程竣工验收记录（原件及复印件）。
