南浔区从2004年开始实行新农合，经过几年来的发展，已经形成良好的发展态势，合作医疗制度已深入人心，越来越受到广大农民群众的欢迎。截止到2012年8月底全区共有34。75万人参加新农合，参合率达98。2%。
试点之初，该区确定的筹资标准为每人每年30元，其中农民个人15元，各级财政配套15元。8年之后，人均筹资达到480元，其中农民个人150元，各级财政配套330元。10年来，农民个人筹资增长了10倍，各级财政配套增长了22倍。
同时报销比例显著上升，2004年新农合实行大病统筹与医疗救助相结合的制度，报销最高封顶额为3。5万元，报销比例最高60%。2005年全面推行区大病统筹、乡镇小额补助和困难群众补助“三条医疗保障线”。2012年报销封顶额达到12万元，区级定点医疗机构实行零起付，最高报销比例达到75%。
南浔区于2010年先行开展提高农村儿童重大疾病保障水平试点工作，最高限价可按新农合报销70%，民政部门救助20%。同时，新农合还与无偿献血、计划生育、农村中医药报销等机制联动，让患者在更多方面受益。
信息化建设实现了“三级跳”，2008年合作医疗小额报销窗口在全市率先延伸至全区136家社区卫生服务站，广大农民不出站即可刷卡进行报销。2009年增加区内住院实时报销系统，参保人凭身份证和参保卡在出院时享受及时报销。同年7月该区合医办与我市六大医院进行了联网，凡在市内所有定点医院看病住院的参合农民都可享受实时报销，切实解决了该区参合农民的报销“手续烦、周期长”问题。
