这种超支现象往往是逐渐产生的，可以通过月统计报表反映出来。所以应规范会计统计报表制度，认真核查每月的收支状况，一旦出现超支，马上在下一个月份进行调节，尽量使超支的问题在统筹年度内得以解决；倘若在统筹年度年终总结算时出现严重超支的现象，就必须在新的统筹年度第一季度内加以解决。
二要适时适当调整有关的比例标准。
当超支数额巨大，而发生的超支费用又在正常合理的开支范围内，并非违规或过度医疗消费所致，在这种情况下，可以考虑适当提高收缴比例，以此增加统筹基金的总量，提高统筹基金的支付能力，但是划入个人帐户的计入比例一般不能降低，否则，容易引起参保人员的心里不平衡。
另外，根据情况适当调整大病互助的收缴基数与支付比例，以化解大病互助基金的支付压力，也可以考虑与商业保险公司合作，通过社会化的渠道来缓解医保基金压力。
如果前述措施仍不能化解风险，则需要提高统筹基金支付项目的起付标准，或者降低统筹基金的支付比例，以增强参保人员的节约意识，适度降低总体医疗消费水平，从而化解统筹基金超支的风险。
三是要建立资金预留制度及争取更多的政府资金投入，以达到分担风险的目的。
资金预留制度就是从各定点医疗机构的结算额中提留出一定比例的资金，用以约束各定点医疗机构的违规行为，也可以同时建立奖励制度，对于表现优秀的定点医疗机构采用各种形式的奖励与表彰，促其合法经营。
在经济水平较发达，财力较充足的地区，可以申请政府加大对社会保障的投入，为各参保人员提供更完善的社会保障服务
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