用按病种付费等先进的支付制度，来替代按项目收费的方式，被卫生部部长陈竺确定为祛除公立医院以药养医毒瘤的药方之一，这个药方已经在美国和德国取得了“好疗效”。
按病种分组付费，是一种打包付费制度，主要是根据患者年龄、疾病诊断、合并症并发症、治疗方式、病症严重程度以及疗效等多种因素，将诊断相近、治疗手段相近、医疗费用相近的住院患者，分入若干病组予以定额付费。与之前普遍实行的按项目收费模式相较，按病种付费最大的好处是倒逼医院和医生从以往过度诊疗的扭曲状态向正常状态回归。
如果把医院比作餐馆，由于医疗服务专业门槛较高而导致信息不对称，点餐权实际上由伙计(医生)行使。按项目收费模式下，点一盘菜给一盘的钱，同时，伙计收入与餐馆收入挂钩，诱导伙计给顾客(患者)所点菜品有时远超实际需要。而按病种付费相当于自助餐，就餐费用定额，伙计和餐馆都不愿意给患者送去过多菜品(过度诊疗、多开药、多检查)。
作为卫生部17家公立医院改革试点联系城市之一，北京市在六家医院推动了按病种付费的试点改革，在试点半年中，争议一直未能停歇。
争议的核心之一是，付费标准是否合理。《中国新闻周刊》获取的一份数据显示，在北京六家医院的试点过程中，实际诊疗过程中将所做项目按发改委定价计算，其费用远低于之前确定的按病种付费的标准(以往同组病例费用的平均值确定)，两者差值被称为“盈余”，其中一家试点医院后者比前者高出了76%。
“六家医院都是‘盈余’，这是否意味着按病种付费确定的付费标准过高？”某试点医院的一位人士告诉《中国新闻周刊》。
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