截至2011年底，新农合和最低生活保障分别有336个县和1657个县尚未实行信息化管理；尽管近年来有关部门加强了新农保信息化建设，但仍有472个县的新农保未实行信息化管理。
截至2011年底，各地累计投入并使用89.57亿元建成的社会保障信息系统，由于标准尚不统一，数据较为分散，不同程度地存在信息"孤岛"现象。部分信息系统数据质量不高，社会保障各相关部门之间的数据也未能充分共享，有19个省本级、226个市本级和1823个县社会保险经办机构尚未建立与工商、民政和公安等部门的信息沟通机制。
审计抽查发现，由于信息未能共享，社会保障部门未及时掌握保障对象死亡信息，向7.2万死亡人员发放养老金、低保金等1.75亿元。
整改
地方各级政府和相关部门高度重视审计发现的问题，坚持边审计、边整改、边规范，及时纠正违规问题，并健全完善相关制度。
财政部、人力资源和社会保障部、卫生部、民政部等部门出台了《关于加强和规范社会保障基金财政专户管理有关问题的通知》等制度文件；各省已出台或完善社会保障相关制度941项。截至2012年7月25日，部分问题已整改到位。
对尚未整改到位的问题，有关部门和地方正在进一步整改中。对移送的案件，有关部门正在依法立案查处。
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