在试点县市，农民个人负担部分的征缴一直是老大难，每年都需要工作人员挨家挨户宣传或劝说，筹资成本相当高。在有的地区，参合率达标甚至是一户一户谈出来的。尤其是在人口居住分散、交通不便的偏远农村，要保证各项组织管理工作到位，难度很大，管理人员一年之中三分之一的时间要用在基金收缴工作上。从现有试点县市的参合率看，平均仅为６３．４６％。在参合率较高的敦化市，虽然达到实际在乡人口数的９８．６％，但参合率的稳定性也不容乐观。吉林省政协委员调查发现，９５％的农民表示愿意参加新型合作医疗，但在收取１０元保费时，有３０％的农民却选择了不参加。

　　有关人士分析，农民希望有合作医疗制度，但对医疗消费又存在侥幸心理，认为衣、食、住、行和子女上学是必须支出的，看病花钱是不确定的消费，没有必要把它纳入日常消费计划，从而导致参合农民互助意识淡漠。有的说：“我现在身体很好，没有必要参加，让别人占我便宜。”有的农民干脆在获得医疗补偿后选择退出。

　　从历史原因上看，由于合作医疗自身几起几落，农民对合作医疗能否长久缺乏信心；近些年频繁的收费让农民疲于应付，抵触情绪较重；部分地区紧张的干群关系、村级财务的历史欠账，还没有得到清理，不同程度地影响农民对合作医疗的信心，更增加了让农民“自愿掏腰包”的困难。

　　“自愿掏腰包”积极性不高导致动员的成本高，产生了一定的负面效应。据初步测算，试点县市的筹资成本已占到合作医疗基金的５％。从现行基金筹措程序看，如果不能筹措到预期比例的合作医疗基金，将直接影响下一步工作的开展，为此一些基层干部处在坚持自愿原则与完成任务的两难之中。于是在基金筹措过程中，一些地方出现了基层干部急于求成，赶指标进度，用责任包干、硬性摊派等方式，强迫农民参加合作医疗的问题。有的甚至直接进行任务包干、挨户摊派，或者直接从其他的款项扣除合作医疗基金。

　　－－基金总量有限来源单一普通农民受益程度较低

　　新型农村合作医疗合作基金来源单一，总量有限，带来的直接影响就是普通农民受益程度低，对这项工作信心不足。

　　吉林省开展试点之初，明确了新型农村合作医疗制度实行个人缴费、集体扶持、政府资助相结合的筹资机制。可在试点县市的实践中，不管有没有集体经济，也不管经济发展水平如何，基金来源仅限于政府资助和个人缴费，集体扶持和地方政府适当增加财政收入的规定流于形式。基金来源构成的单一，导致本应个人、集体和政府多方参与的合作医疗，变成个人和政府双方参与的合作医疗。有关部门调查还发现，与基金来源结构单一相对应的是个人缴费标准和政府资助力度没有体现出不同地区经济发展水平的差异，经济发展水平和人均收入差别较大，却采取了单一标准，造成筹资上的简单平均，农民负担不平等。

　　由于试点县市一年之中真正能够筹措到的资金有限，如果在现有的疾病模式下实行较高的报销比例，势必出现资金总量不足的问题。为此，从基金运行安全考虑，吉林省的试点县市采取了相对保守的补偿办法－－“既补大，又补小，以补大为主”的方式，即以补助住院（大额）医药费用为主、适当兼顾门诊（小额）医药费用补助。对于门诊医药费补助，主要方式是将个人缴费的一部分建立家庭账户，每人每年有５－１０元的个人账户基金，账户基金归家庭成员共有，在县内规定的医疗机构就诊，自主使用，年内累计不能超过规定限额。农民在乡镇卫生院就诊，可以用个人账户资金支付，并且减免２０％的诊查费、注射费、往诊费。

　　家庭个人账户的建立，虽然满足了部分群众当期受益的要求，可这样的制度设计很难充分调动农民参与健康保健的积极性。由于每个农村家庭个人账户的数额一般在１５－４０元之间，这个数额仅够一个人一次的门诊费用，农民感觉这是“左手拿钱放在右手上”，没有什么意义。农民需要的是医疗价格上的实惠，而当不少人到技术较高设备齐全的县以上医院就医却没有见到实惠时，就表示相当不满意。

　　此外，一些医疗机构处方药和检查项目，超出基本药物目录和规定检查的项目过多，不少费用不在报销之列，不合理用药、不合理检查问题比较明显，住院费用和门诊费用上涨较快，农民抱怨较大。一位参合的农民说：“我前两个月住院花掉医药费４０００多元，扣除基本药物目录外药品花费等费用后，实际可报销费用只有１０００多元，最后只得到４００多元，仅为总医药费的十分之一，像这样的合作医疗根本就没有给我们解决多大的难处。”在调查中，８０％以上的参加合作医疗的群众对现行制度不满，认为没有得到实惠，是为少数人服务了；得到补偿的群众也不太满意，认为自己看病多花钱了，补贴得不多。