日前国税总局表示，大病医疗保险金不属于个人所得税法实施条例里列举的基本保险类，由于目前未有相应的政策规定，因此个人缴纳的大病医疗保险金不允许在个税税前扣除，需要并入个人当期的工资、薪金收入，计征个税。
这个消息引起部分公众的质疑。但是，2012年8月30日人社部等六部委联合下发《关于开展城乡居民大病保险工作的指导意见》对大病医疗保险的资金来源已经做出明确规定：从城镇居民医保基金、新农合基金中划出一定比例或额度作为大病保险资金。此后相关部门也多次表态：大病医疗保险不会增加个人缴费负担。
既然个人缴费不会增加，又何来需要纳税的说法呢？网易财经就此致电国税总局，询问其大病医疗保险是否指全国即将推行的社会大病医保。对方答复：如果你缴纳了大病保险金，就需要纳税；如果没缴纳这事就和你没关系。
对此比较坏的一种推测是，相关部门已经改变不增加个人缴费比例的初衷，最终决定由社会公众分担大病医保成本。但相关数据显示，要实现最低50%的报销比例，全国需要人均筹资40元。而2011年全国基本医保的结余人均55元，累计结余人均133元。完全用基本医保的结余基金划拨大病医保是可以实现的。
中国社科院世界社会保障中心主任郑秉文则对网易财经表示，目前国家对大病医疗保险的定位模糊，应该把大病医保纳入到社会基本保险的范畴。社会保障制度的建设需要顶层协调设计，否则可能因不同部门之间的意见不同影响执行。如这件事的一种可能就是国税总局与人社部等部委意见不一。
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