省确定的20种重大疾病中，除精神疾病外，其余19种实施单病种付费。省、州级定点医院执行统一的包干费用标准，县级在省、州级包干费用的基础上下调10%，在包干费用标准内按70%的比例报销。在大理州强制隔离戒毒所戒毒康复治疗的参合农民，一年门诊基本医疗费用按一次住院审核报销，其起付线为96元，报销比例为80%，每年报销封顶线为500元。
继续将恶性肿瘤（包括各种癌症、肉瘤、白血病）、慢性肾功能衰竭、器官移植后抗排异治疗、系统性红斑狼疮、再生障碍性贫血等5种特殊病和精神病、癫痫、帕金森氏病（震颤麻痹）、冠心病、支气管扩张（含支气管哮喘）、肺心病、慢性心力衰竭、脑血管意外（包括脑出血、脑梗死、脑萎缩）、糖尿病、肝硬化、老年性前列腺增生（Ⅱ°、Ⅲ°）、慢性肾小球肾炎（含肾病综合症）、需要临床治疗的结核病、慢性活动性肝炎、原发或继发性高血压、类风湿关节炎、甲状腺机能亢进（减退）等17种慢性病病种门诊列入报销范畴。5种特殊病门诊报销封顶线不超过4万元，17种慢性病门诊报销封顶线不超过5000元。
参合农民在大理州精神病医院、大理州民政精神病医院住院减免比例统一为85%，起付线和封顶线按州级定点医疗机构执行。参合农民在州中医院住院治疗的，报销比例在同级基础上提高10%；在社区卫生服务中心门诊、住院的，按乡级报销；在社区卫生服务站门诊的，按村级报销。继续将一般诊疗费纳入新农合门诊统筹报销。
对参加新农合的农村孕产妇，除享受农村孕产妇住院分娩补助外，按各县市新农合相关规定给予补助，实现农村孕产妇县乡两级住院分娩全免费目标。当年生新生儿所产生的医疗费用随父母报销，封顶线合并执行。
省、州级（含民营定点医疗机构）药品目录按《云南省城镇职工医保用药目录》审核报销；县级（含民营定点医疗机构）和乡级医疗机构分别按县级和乡级新农合药品目录报销；民营定点医疗机构执行云南省非营利性医疗服务价格，药品价格不超过全省统一招标价格。
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