中央新疆工作座谈会召开三年来，新疆医疗生育保险工作取得重大突破，以基本医疗保险为基础、大额医疗费用补助、补充医疗保险和商业补充医疗保险为补充的多层次的医疗保障制度基本形成，基本医疗保险制度平稳运行。截至2012年，全疆城镇基本医疗保险参保人数623.3万人，其中，职工医保337.9万人，居民医保285.4万人。
三年来，新疆适当提高参保人员医保待遇，实现了异地就医即时结算，缓解了参保患者看病报销难的问题。在全疆做到了各类异地就医参保人员、各项城镇基本医疗保险制度、各项医疗保险业务、各项医疗保险基金、定点医疗机构、定点药店“五个覆盖”。实现了各地职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险参保人员在乌鲁木齐市异地住院以及全疆范围内异地普通门诊、异地药店购药的即时结算，开展了喀什地区与克州之间以及各地在和田地区异地住院的即时结算工作。
从2011年起，新疆将基本医疗保险缴费费率由7.5%提高至9%，统筹基金最高支付限额由原来的3.6万元提高至5.4万元，大额医疗补助最高支付限额由原来的10万元提高至12万元，将政策范围内三级医院统筹基金支付比例统一调整为80%、二级医院为85%、一级医院为90%，增加了前列腺炎、类风湿性关节炎、甲状腺功能亢进或减退、帕金森氏综合症、重症肌无力5种疾病为特殊慢性病病种，特殊慢性病种类增加到19种。
同时，新疆立足推进新医改，积极落实基本药物制度。从医疗保险角度落实了零差率补偿调整意见，在307种国家基本药物基础上进行了增补，全力推进社区卫生服务机构药品“实库管理”工作，全面推行社区医院预付制结算办法。扩大门诊统筹实施范围，全疆14个统筹地区普遍建立了城镇职工特殊慢性病门诊统筹和城镇居民门诊统筹制度和大病统筹。
三年来，新疆积极开展提高儿童白血病、先天性心脏病等重大疾病医疗保障待遇水平试点。对已参加新型农牧区合作医疗保险和城镇居民基本医疗保险的患儿，住院手术费由新农合或城镇居民医保支付40%、民政城乡救助资金支付30%、自治区财政补助30%。累计筛查阳性病例2661例先心病患儿，手术1625例患儿。
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