在苏木乡镇卫生院住院实施“只交起付线费用、上设封顶线（1500元）、其余费用全部报销”政策，单次费用超出1500元部分，由苏木乡镇卫生院负担。五保户、低保户、残疾人、65岁以上老年人住院报销比例相应提高5%。
参合人员在蒙中医医疗机构住院就诊的较其它相应级别医院报销比例提高15%，但总补偿比例不得高于95%。参合人员选择蒙中医药服务的，补偿比例提高15%，但总补偿比例不得高于95%。
实行住院保底补偿。参合人员经转诊至各级医疗机构住院治疗，实际补偿比例过低的，可按照住院医疗总费用扣除起付线后的40%给予保底补偿。
婴儿出生当年免缴参加新农合的个人费用。如父母亲任意一方已参合，则在母亲或父亲名下另建病历，住院或门诊医药费用按相应补偿标准予以补偿。
住院统筹的报销期限为自出院日起一个年度内，门诊统筹的报销期限为次年6月底，超出报销期限的不予报销。
