3月28日公布的《国务院机构改革和职能转变方案》，明确要在今年6月底前，完成城镇职工基本
医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责整合。
目前，三大
医保分别由两个部门进行管理。先后于1998年和2007年建立的城镇职工医保、城镇居民医保，目前由人社部统管；2003年启动的新农合，则由原来的卫生部（现为国家卫生与计划生育委员会）统管。由于分属不同部门，城镇居民医保和新农合在筹资水平、保障水平等方面都存在差异，这种以城乡二元结构为基础的医保制度，弊端也越来越明显。部门分治，容易形成资源竞争，导致重复参保的情况出现，造成财政补贴浪费。
《国务院机构改革和职能转变方案》明确提出，将城镇职工、城镇居民医保及新农合的职责“整合由一个部门承担”。
至于进行整合后，三大医保管理应该由人社部还是卫生部门负责？虽然此前坊间讨论颇多，但目前官方仍未有公布。
朱恒鹏认为，较大的可能应该是将新农合并入，交由人社部管理。他注意到，在这次的机构改革中，新成立的国家卫生和计划生育委员会的主要职责，已没有了新农合的职能。“卫生部门一方面管医疗服务，一方面管钱，很难说好与坏，由人社部来管，至少是第三方”。他表示，将三大医保归入人社部，形成第三方的购买和付费，可以对医疗服务起到制衡的作用。
