新农合的报销时间有规定，应当从出院当天算起三个月之内有效。
根据省（市）有关文件及虞城县新型农村合作医疗实施方案规定，参加合作医疗的农民在外地出差打工者，须在当地的县级以上公立医疗机构住院，并在住院5日内与县合作医疗办公室取得联系，由家人补办转诊手续，出院后10日内持规定的有效证件到县合管办办理补助手续，否则不予补助。
参合农民在县内定点医疗机构就诊，不需办理转诊手续，转诊到县外定点医疗机构就诊者，须持县级定点医疗机构的诊断和转诊证明报县合管办审批，经批准登记并在出院10日内持有关证件到县合管办按照市级或市级以外就诊执行补助，否则不予补助。为照顾到部分参合农民在县外就诊后因跨年度的原因不能及时按照要求返回县内进行补偿，该县每年都会将跨年度补偿的时间延后至本年度的2月底。
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