一、起付线的作用。
合作医疗补助起付线是为住院费用报销支付设定一个门坎，在起付线以上的费用才按比例报销。起付线的作用是：
1、减少对低住院费用段的补助，将资金补助的重点放在对大病患者的补助。通过设定起付线，减少对低费用段的补助，将省出的资金用于高费用段的补助，就可以提高封顶线的设定。假如平均起付线是300元，平均补助比例是费用的30%，那么1个人就可以余出90元，1万个人就是90万元，可以帮助不少大病患者；而高费用段的人相对较少，又最需要帮助，通过抽低补高，提高封顶线，可以更好发挥合作医疗基金对大病患者的帮助。一般患者少得几十元没有什么困难，而对大病患者，多给1-2千元就是雪中送炭。
2、设起付线可以防止将门诊费用当作住院费用报销的情况，也可以防止某些人利用不设起付线的规定，通过短期住院，获取补偿。
3、设定起付线还可以引导病人选择医疗机构。
二、设置起付线须注意的问题。
起付线的标准要适度，定得太低不起作用，定得过高会影响合作医疗的受益面，从而影响群众对方案的接受。起付线过高还会影响病人对基层医院、卫生院的选择。
为引导病人尽可能选择在基层医疗机构住院，提高农村卫生资源利用率，起付线的设定可由低至高。一般应参照当地医疗水平确定。从我省各地情况看，乡镇卫生院住院补助起付线可定在100元至300元，县级医院住院补助起付线可定在400元至500元，县以上医院住院起付线可定在700元左右。
设定起付线后，可能出现这种情况：例如某人在市医院住院，花去730元，按规定可报销30%，但起付线为700元，只能报销9元。这种情况显然不合理，也影响群众对合作医疗的看法。所以，在规定起付线的同时，应设定最低“支付线”，参加人住院只要达到起付线标准，就可以得到基本报销数额。例如规定：乡镇卫生院住院达到起付线的，最少可补助30元或50元；县级医院住院达到起付线的，最少可补助80元；市级医院住院达到起付线的，最少可补助100元。各地可酌情确定，但也要测算准确。
三、不设起付线可能出现的问题。
不设起付线会为部分人钻空子提供方便。某县合作医疗实行大病统筹，门诊费用不补助。但因未设报销起付线，就出现了少数人通过住院解决门诊可以解决的问题，或将门诊费用转作住院费用报销的情况，也样就增加了住院人数，也就增加了合作医疗运作风险。
这种情况一般出在乡镇卫生院。因为乡镇卫生院床位费低，1天几元，开2天只需十几元，有人就会通过住院检查、开药，获取在门诊得不到的补助。
存在这种问题的地方，要严格界定门诊与住院的标准，要求医院、卫生院不得违反规定安排病人住院，也不得违反规定开住院证明。没有设起付线的，应补设报销起付线。
