农村居民“新农合”医疗与城镇居民医保分属不同体系，缴纳费用不同，保障水平差异大。2008年，厦门就开始探索农村城镇医疗保障均等化。一方面，加大各级政府财政补贴的力度；另一方面，把原本由卫生部门主管的“新农合”移交给劳动保障部门，由劳动保障部门统一经办、管理城乡医保，避免多头管理，重复投资建设，实现城乡居民看病报销待遇一致。厦门市社保管理中心主任陈国荣：“我们每年政府补贴这块都比国家要高，城乡居民缴多少其实都远远不够，厦门市每年财政出钱，有的区、街道甚至村都要出钱，有些地方老百姓根本都不用交了。农民也好，城镇居民也好，交的一样的钱，政府补贴也是一样的；在农村看，在城镇看，享受的待遇是一样的，是一种人人公平的医疗保障。”
整合机构、统一待遇之后，厦门又不断推进医保报销便利化及保障水平。从原来的看病“先垫付、后报销”实现用社保卡实时结算，开发医疗费用简易报销系统，简化特殊情况的报销程序。市民赵女士说：“就是明显感觉比以前快多了，然后材料也变少了。我上次可能不到两周吧，钱就打过来了。”
农村居民也能在符合条件的村镇卫生所用社保卡看病就医。海沧区钟山村居民钟女士说：“以前是要付现金，我们卡拿在手上也没什么用。现在可以刷的话哦，卡可以利用得起来。”
目前，厦门基本医疗保障额度为十万元，大病保障35万元，城乡居民医疗保险综合保障水平达到45万元，领先全国。今年，又建立起“居民医保健康账户”制度，城乡居民一家人可以共用一个账户资金；开发社保app软件和微信公众账号，供市民实时查询医社信息。厦门市社保管理中心副主任王惠民认为，城乡医疗待遇越来越公平了，市民看病也越来越便利了，“山村小岛，几乎出行很不方便。现在的话呢，他在自己家门口，小病就可以得到就地解决。”
