根据《北京海淀区关于自主择业军转干部安置管理暂行规定》的相关规定，自主择业军转干部医疗保障按照以下规定进行：
一、未就业期间的自主择业军转干部
自主择业军队转业干部参加北京市海淀区基本
医疗保险，并享受区
公务员医疗补助待遇。其个人缴费部分，以个人退役金为计算基数，按规定费率缴纳，北京市海淀区干部就业指导服务中心代扣个人缴纳部分，连同单位缴费部分统一向海淀区医疗保险经办机构缴纳。
自主择业军队转业干部服现役期间的个人医疗保险基金余额，转入新的基本医疗保险个人帐户。
二、就业之后的自主择业军转干部
被企业和自收自支事业单位聘用期间，自主择业军队转业干部的医疗保障均按北京市和所在单位有关规定执行，并由所在单位按规定承担单位缴纳部分。
聘用单位和自主择业军队转业干部应依法参加基本
养老保险、
失业保险，按国家和北京市的规定缴纳养老、失业保险费，并享受相应养老、失业保险待遇，其养老、失业保险缴纳年限从其在当地缴纳保险费之日算起。合同到期未续签或解除后，养老、失业保险依本人自愿接续，所需费用全部由个人承担。
