参合农民可以在区内所有定点医疗机构自主择医，村卫生室由村医向镇卫生院提出申请，镇卫生院按镇村卫生服务管理一体化要求进行考核确认，方可纳入合作医疗的服务机构。
转诊者应经区二级定点医疗机构转至市级以上医疗机构就诊。危、急、重病人可先转院救治，7天内补办手续；转院手续一次有效，再次转院需重新办理。
第十七条新型农村合作医疗用药报销范围：村医依据《江苏省乡村医生基本用药目录》使用的药费；镇级(含)以上定点医疗机构的住院及门诊、区级限定专科门诊依据《江苏省基本医疗保险和工伤保险药品目录库》(2005年版)使用的药费。
第十八条新型农村合作医疗费用的补偿分为门诊定额补偿、住院补偿和大病统筹补偿等。
(一)门诊定额补偿:新型农村合作医疗费用门诊定额补偿标准为以户为单位，按每人每年20元标准建立家庭门诊统筹资金，家庭参合人员可统筹使用。
补偿范围及比例为：村卫生室药费的40%、镇卫生院药费、治疗费、检查费的40%；区级专科中儿科、皮肤科、眼科、耳鼻喉科、口腔科药费的30%、中医科中草药药费的30%，区疾病预防控制中心结核病门诊药费及妇保所妇女病查治期间药费的30%。
上述补偿费用在家庭门诊统筹资金中列支，家庭门诊统筹资金结余不退还，可结转下年度使用；对全家户口迁出本区以外的，余额可以退还。
家庭门诊统筹资金用完后每人可继续享受最高300元的门诊补偿，用于在区、镇级定点医疗机构规定范围内门诊费用的补偿，补偿范围同家庭门诊统筹补偿，比例为30%。
(二)住院补偿：可报销住院医疗医药费累计5000元以内的部分分级按不同比例给予补偿：镇级定点医疗机构为50%，区级定点医疗机构为40%，市级以上转诊医院为35%。鼓励参合人员就近治疗常见病、多发病，节约资金。
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