为适应社会保障体系和城乡一体化发展，上海将于2016年1月1日起实施《上海市城乡居民基本
医疗保险办法》，建立城乡居民统一的基本医疗保险制度。上海市民无论城镇户籍还是农村户籍，都可以参加城乡居民基本医疗保险。随着政府投入的进一步加大，上海市民的医疗保障水平将有进一步提高，尤其是农村居民待遇将有明显提高。
《办法》实现了对象范围、筹资标准、待遇水平、经办服务的“四个统一”。对象范围方面，《办法》搭建了统一的参保平台，破除城乡户籍限制，未参加上海职工
医保等其他基本医疗保险的上海市民，不再区分城镇户籍和农村户籍，均可以参加城乡居民医保。
《办法》明确，将继续加大财政补助力度，提高对城乡居民医保的总体筹资标准，特别是加大对农村居民的补助水平，从原来的人均筹资不足2000元提高到3000元以上，与城镇居民保持一致。为确保广大农村居民应保尽保，各区县政府及村集体经济将对农村居民个人缴费给予适当补贴。对城乡居民中的“低保”对象、重残人员以及高龄老人，政府相关部门也对他们的个人缴费部分给予统一的补助。
《办法》提出，农村居民住院费用不再设最高支付限额，原来新农合住院费用一旦超过12万元，就不能再结算医药费，实行城乡统筹后，超过12万元的住院费用还可按规定比例结算。其次，农村居民各级医院的住院支付比例有所提高，特别是三级医院的医保支付比例比原来提高10%至20%，农村居民进城到大医院看病的负担更轻了。其中，对城乡居民个人负担较重的重症尿毒症透析治疗、肾移植抗排异治疗、恶性肿瘤放化疗、部分精神病治疗等4类疾病，《办法》规定可由大病保险资金按规定再报销50%。
在门诊方面，农村居民取消了原5000元的封顶线，不设最高支付限额，城镇居民一、二级医院的医保支付比例提高了5%，19-59岁城镇居民的门诊起付标准从原来的1000元下调到500元，降低了500元。同时，《办法》规定，城乡居民在村卫生室就医，不再设起付线，医保直接按80%的比例支付。
