首先，两者属性不同。商业医疗保险是商业保险公司运用经济补偿手段经营的一种险种，是社会经济活动的一个方面，是由保险人与投保人双方按照自愿原则签订合同来实现的，商业保险公司可以从中赢利。而城镇居民基本医疗保险是由国家统一组织实施，中央、省、市、县（区）各级财政给予一定补助，居民自愿缴费参加，以住院统筹为主，兼顾门诊医疗以及门诊规定病种统筹的一种互助共济的社会保障制度，其作为一种社会福利事业具有非赢利性质。
其次，保险对象和作用不同。商业医疗保险以自然人为保险对象，其作用在于当投保的公民因意外伤害或疾病而支出医疗费用时，可获得一定的经济补偿以减少损失，而不是为了保障被保险人的基本生活，也不具有维护社会公平的作用。城镇居民基本医疗保险主要以不属于城镇职工基本医疗保险制度覆盖范围的学生（包括全日制大、中专院校在校学生、职业高中、技校学生、中小学生）、少年儿童和其他非从业城镇居民为保险对象，当参保居民因患病就医而支出医疗费用时，医疗保险经办部门对合理医疗费用按规定比例进行补偿，有利于社会安定和维护社会公平，实际上是国民收入再分配的一个方面。
最后，两者权利与义务对等关系不同。商业医疗保险的权利与义务是建立在合同关系上，保险金额的多少取决于所缴保险费数额的多少。而城镇居民基本医疗保险则是带有一定福利性质，建立在互助共济基础上的社会保障制度，其所缴纳的保险费数额与享受到的待遇并不成正比例关系。
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