为全面推进新型农村合作医疗（包括卫生计生部门负责的城乡居民基本医疗保险）异地就医联网结报工作，国家卫生计生委会同财政部制定了《全国新型农村合作医疗异地就医联网结报实施方案》（以下简称“方案”）。
《方案》提出2016年底前实现省内异地就医联网结报，开展新农合转诊住院患者跨省定点就医结报试点；2017年底前，实现新农合转诊住院患者全国异地就医联网结报。
为了实现目标，《方案》提出以下措施：实现异地就医信息系统互联与数据共享、规范异地就医补偿政策、建立异地就医转诊制度、实行定点联网就医、建立省级结算中心等措施。
《方案》提出了明确的时间进度表，要求各省（区、市）2016年6月底前，完善省内异地就医报销政策，确保政策落实。
2016年7月底前，制定跨省异地就医结报工作方案，上报辖区内提供跨省就医结报服务的联网医疗机构名单和省内异地就医实施情况。
2016年8月底前，完善省级平台信息系统，使其具备跨省转诊、结报等功能。开发全国联网结报相关数据交换接口，实现国家和省级平台以及医疗机构信息系统间的互联互通。
2016年10月底前，建成省级结算中心，或委托相关单位承担跨省就医结算职能。全面实现省内异地就医结报。至少要推出2个地级市，并遴选若干所省外联网医疗机构，签署相关协议，开展跨省就医联网结报试点工作；同时，要选择若干所省内联网医疗机构为其他省份患者提供服务。
届时，国家卫计委将按照“联通一个省（区、市），公布一个省（区、市）”的原则，公布各省（区、市）新农合跨省就医结报工作进展。
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