企业缴费从当期工资、薪金中“独立”出来计算只适用企业及其职工按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险。对个人其他各类商业保险，根据《财政部国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》(财税[2005]94号)相关规定，企业为职工购买商业性补充保险，应在办理投保手续时作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税，即：为职工建立商业补充保险时，企业缴费部分并入个人当月工资薪金所得计算缴纳个人所得税。
此外，个人年金与法定保险也不同。无论是法定保险或是年金，都应分为企业为个人缴纳部分与个人实际缴纳部分分别处理。但个人实际缴纳部分，法定保险允许在其个人所得税前扣除，但对于超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税，而年金则不能在个人所得税前扣除。
依据财税[2006]10号第一条规定，个人按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除；而国税函[2009]694号文件第一条则规定，个人缴纳年金部分不能在计算个人所得税前进行扣除。企业为个人所缴纳的法定保险有免税部分，而年金只有当月个人工资薪金所得与计入个人年金账户的企业缴费之和未超过个人所得税费用扣除标准的不征收个人所得税。
依据《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税[2006]10号)第一条规定，企事业单位按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税，但需要注意的是，对于超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税，即法定保险是有免征部分的。
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