新型农村合作医疗制度的覆盖范围只有农民。有些地方则允许城镇非农业人口无固定收入的家庭（包括未参加城镇医保的下岗职工）自愿参加合作医疗。
新型农村合作医疗制度交费是严格实行农民个人交费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。交费主体是自愿参加合作医疗的农民，农民以家庭为单位按每人每年10元（部分东、中部地区稍高）缴纳合作医疗资金，省市县三级政府财政每年每人补助的20元，储存在县（市）国有商业银行或信用社的财政基金专户内。
新型农村合作医疗制度待遇要求参合农民每次到县（市）内定点医疗机构就诊时，凭合作医疗证可直接按比例报销部分医药费用；定点医疗机构将为农民报销所支付的资金数额以及相关凭据，定期报到县合作医疗办，经县合作医疗办审核并开具申请支付凭证，由代理银行或信用社直接将资金转入有关医疗机构的银行账户，做到新型农村合作医疗基金收支分离，管用分开，封闭运行。
我县则明确了医疗费补助要坚持以大病住院统筹为主，适当兼顾部分特殊病门诊的原则，规定了申请医疗补助必须符合一定条件，并强调大病住院统筹主要是针对有住院指针的重症住院病人，实行不同级别医疗机构按不同比例给予费用补助。其年度封顶上限为20000元;补助起付线为：县内一级医院100元，二级医院200元，县外医院500元；补助比例为：县内一级医院60%，二级医院50%，县外医院40%。
综上所述，城镇职工基本医疗保险与新型农村合作医疗制度的共同之处都在于有效的保障了广大人民群众的医疗待遇，主要区别突出反映了城镇职工基本医疗保险制度在于防止参保人员因病返贫，生活受到影响。
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