健康保险方案的资金来自工人和雇主的缴费及政府的补贴。政府管理的健康保险方案实行统一保险费率，缴费由工人和雇主平均分担。医疗保险会管理的方案由各医疗保险会自己决定缴费率，但需得到厚生大臣的认可。政府对该管理费用进行补贴，对政府管理的提供约医疗开支16％的补贴，对医疗保险协会管理的主要是承担其事务性费用，仅当其遇到资金困难时方才给予帮助。
国民健康保险的资金来自税收、受保人缴费和政府的补贴。税率和缴费率由地方政府确定，一般由市町政府采用地方税的形式征收。老年保健制度不另收保险费，其医疗服务的资金构成如下：医疗保险方案管理机构的70％、政府20％、所在地区5％及所在市5％。加入保险者按月缴纳保险金（一般为工资的8％），本人或亲属看病时只需付一定比例的医疗费（一般为20％），其余部分由政府或企业承担。
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