在医药分离后，虽然不存在医院药房垄断市场、侵占社会药店的事情，但仍需要制定医保报销制度，包括营利性医院与非营利性医院的报销标准，确立定点医院和定点药店的标准等。新的医保定点机构应该实行申请备案，即由政府主管部门向社会公布确立标准后，有关医院和药店按此要求申请备案，凡条件合格者都可以是医保定点机构（包括平民医院、平价药店和民营医院、民营药店以及“三资”医院、“三资”药店等）。特别是，要积极发展社区卫生服务，将社区卫生服务中的基本医疗服务项目纳入基本医疗保险范围，并建立双向转诊制度。实行社会医疗保险统筹的地区,要抓紧落实社保定点药店的计算机管理信息系统,保证消费者购药时可以使用医保卡刷卡支付,保证社保机构按时足额向药店结算货款。此外，还要将医疗预防保健纳入医保范围。按照新的健康观，要重视预防保健，应该允许参保人，特别是健康的人和处于亚健康状态的人用个人账户的钱购买规定的预防、保健服务。同时，从经济角度分析，预防保健的低投入可以避免或减少后期医疗费用的高投入。与此同时，也要对公务员等单位的公费医疗报销制度进行改革，取消定点合同医院制度，在医药分开后，也不能指定合同药店，可以制定相应的自费承担比例，鼓励患者“只选对的，不选贵的”。
四是建立健全市场化的商业医疗保险制度。在医疗保险方面，国家只负责基本医疗保险，大病统筹要设定封顶线，超出封顶线的大病需要发展带有商业性质的医疗保险。对商业医疗保险，在用药范围上应有别于《基本医疗保险药品目录》，可以激励企业开发医药新产品，以适应不同层次的医疗、用药需求。
五是进一步开放医保市场。要鼓励在基本医疗服务领域引入民间组织的会员性医疗保险机构（如大型企业集团自办保险），打破由政府独家运作医疗保险的垄断局面，让社会各群体自由选择竞争性的基本医疗保险组织。
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