农村合作医疗是一种由国家规定、政府支持的社会行为，首先是以社会价值为目标，目的是为了维护社会安定和体现社会公平，以国家财政作为经济后盾，由政府统一组织实施并设立专门的机构来完成，具有非盈利性质，应归属于社会保险范畴。虽然商业保险的产生先于社会保险，但是二者仍有本质的区别。
1、性质不同
农村合作医疗属于政府行为，由国家规定实施；商业保险则是一种商业行为，保险人与被保险人之间完全是一种自愿的契约关系。
2、目标取向不同
农村合作医疗以社会价值为目标，体现的是国家的社会政策而非经济政策。以国家财政作为经济后盾，由政府统一组织实施或，从而具有非盈利性质。商业保险由保险者与被保险者双方按照自愿原则签订契约来实现，作为一项金融业务，具有以盈利为目的并趋于利润最大化的性质。
3、权利义务关系
农村合作医疗虽然为了增强参合农民的费用意识，要求参合农民缴纳一定数量的费用，但在国家和农民之间，不存在商业买卖关系，这一点突出地表现为特困户和五保户能够不用缴纳费用永久获得参加合作医疗的权利。商业保险以自然人为保险对象，是一种金钱上面的“有收有偿”、“对等互利”的关系，表现为“多投多保、少投少保、不投不保”的等价交换关系，并且契约一旦终止，保险责任即自行终止。
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