新型农村合作医疗实现了农民的社会权利公平，并在制度层面上提供了保障，促进了社会的进步。但是我国新型农村合作医疗制度还存在着一些问题需要解决。
社会满意度低
社会保险中最基本最重要的一点就在于，它强调的不是个人成本收益的平等，而是保险金的社会满意度。新型农村合作医疗作为一种社会保险，受益的农民和政府补助资金来源的纳税人的满意度对其成功与否具有举足轻重的作用。而调查中发现一些农民不参加新型农村合作医疗主要是基于新型农村合作医疗的保障水平低，农民了解不深，怕政策有变，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了等的考虑。而参加新型农村合作医疗的农民不满主要是因为保障水平低，参加和办理报销的程序繁琐等。此外政策不公等导致新型农村合作医疗制度的社会满意度低。
保障水平低
新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益没有预想的那么大。
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