医疗保险统筹基金是保证基本医疗保险制度正常运转的首要条件。一旦统筹基金出现严重超支，基本医疗保险制度的保障功能就会随之削弱甚至崩溃，从而导致基本医疗保险改革失败。但是，统筹基金在运行的过程中面临着种种风险，是客观存在、不容回避的事实。因此，认真研究与探讨医保基金运行当中存在的各种风险以及规避和预防这些风险，具有十分重要的现实意义。
要加大收缴力度、确保基金收缴率
要保证统筹基金的正常运行，就必须要保证较高的基金收缴率，特别要注意防范恶意拖欠的问题。
建立基本医疗保险预算制度和基金预警系统
在统筹年度开始之前，必须对该统筹年度的医保金收支总额特别是统筹基金部分的收支情况进行预算，并留有充分的余地，做完总体预算后，再分别核实个人帐户与统筹基金具体收支预算。基金预警系统是指在建立基本医疗保险体系时，通过管理信息系统，为各种基金设置相应的警戒线，从而预先警示基金系统在运行当中可能存在的风险。对已实现网络化的统筹地区，更要充分利用管理信息系统及计算机结算系统等实行网上监控。
要结合实际，确定合适的支付比例
因各地的收入水平、医疗消费水平等情况差异较大，在支付比例以及支付的方式上必须坚持实事求是，因地制宜，具体问题具体分析的原则，而决不能完全照搬所谓大中城市、改革试点已有的套路。
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