从开放申购和赎回的时间上看，绝大多数短期理财基金可于每个交易日申购，这一点与传统基金一致，只是投资者须在基金规定的运作期限后才可赎回，如汇添富理财60天债券基金就是此种设计，而另外有少部分此类基金完全参照银行理财产品的传统做法，基金运作期前后的数天开放申购和赎回，运作期内不可申购和赎回，如华安月月鑫短期理财基金。银行方面则普遍采取后者做法，产品以自动滚续形式存在，每个滚动投资期内投资者不可申购和赎回。因此，短期理财基金的申购时间范围通常比银行理财产品更加宽裕。
从投资门槛上看，银行理财产品的购买起点至少5万元，有些产品甚至更高，而短期理财基金1000元即可参与其中。因此，短期理财基金更适合投资额度较小的普通大众。
从收益表现上看，首先二者的最大区别在于收益率的可预期性方面。投资银行理财产品的投资者在购买产品前可预先知晓银行公布的产品预期收益率，过往经验表明由于银行理财产品多投资于债券与货币市场工具等低风险品种，因此产品到期兑付预期收益率的可能性极高。滚动型/开放式理财产品也延续了这一传统做法，投资者可在申购产品前获得产品预期收益率，只是这个收益率可能会根据市场利率水平、资金面紧张程度以及各商业银行产品开发策略等因素进行调整，这样前后两个滚动投资期的收益率可能有所差异，比如2012年年中的两次降息就直接导致此类产品的收益率出现下调。而短期理财基金的收益率不可准确预期，其确切收益表现在基金实际投资运作之后才可体现，即便此类基金公布了预期收益率，投资者也仅能将此收益率作为一个参考。
对比具体投资收益率，滚动型的7天或14天期限的银行理财产品近期的收益率普遍在3%以上，而大部分类似期限的短期理财基金则未超过3%。而银行之间和基金公司之间也各有差异，其中银行方面比较明显的特征则是股份制银行产品收益率通常高于国有大型银行。此外，基金每日计算收益，收益率的前后变化幅度可能较大，收益稳定性不如银行理财产品。
银行理财产品目前仍是各项指标的重要调节工具之一，每逢季末、年末以及节假日之前银行普遍会上调产品收益以吸纳资金，所以在这些时间点投资者可适当关注滚动型理财产品。
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