以上两项保障互相并不冲突，而且可以互为有利补充。上海医保局也给出过明确的说法:“凡参加少儿住院互助基金的对象，发生的住院和门诊大病医疗费，可先由少儿学生基本医保基金报销一半，其余的医疗费用由少儿住院互助基金给予支付。”
虽然以上两项保障只衔接社会基本医保范围内的诊疗项目、服务设施、用药范围和支付标准，自费药品等费用支出还需家长自行承担，还谈不上是给病童家长百分之百的报销，但对于长来说，同时参加这两项保障计划，已经能够最大限度地转嫁孩子的大宗医疗支出。
换个角度来看，即便是目前商业保险公司的住院费用报销类产品，也只能报销基本医保内的费用，无法弥补家长在医保范围外支付的各项开支损失。
而商业的少儿大病保险，除非孩子的家长希望通过商业大病保险的“确诊后即给付”来获得比较充裕的治疗费用，否则，对于已经参加上述两项保障的孩子来说也几乎没有什么补充作用了，
对于非上海市户籍的、但在本市居住、学习的少儿学生来说，虽暂时不能参加上海少儿医保，但已经以参加少儿住院互助基金。比起商业保险公司提供的大病和住院保险，少儿互助基金的“性价比”显然更高些。参加者按学年收费，0～5岁60元/年，6～18岁50元/年。中小学生、幼儿园儿童由学校、幼儿园统一办理，0～5周岁婴幼儿、新生儿满月后到所属街道(乡镇)社区卫生服务中心办理。
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