试点初期，新农合基金支付儿童白血病和先天性心脏病的费用由县级新农合住院统筹基金和设区市新农合重大疾病住院大额医疗费用补充补偿基金共同承担。
新农合基金按照定额标准70%的比例支付，个人自付定额标准的30%。对于农村医疗救助对象，新农合基金按照定额标准70%的比例支付，医疗救助资金支付定额标准的20%，个人自付定额标准的10%。这意味着，农村医疗救助儿童，有望用2500元治疗简单的儿童先心病。
【申请流程】
（一）资格申请。在试点地区县级定点筛查医院诊断的基础上，参加患者向参合所在地（县级）新农合经办机构提出申请，农村医疗救助对象同时应向县级民政部门提出申请。县新农合经办机构和民政部门应自申请之日起5日内完成审核。
（二）签订协议。患者携带参合证（卡）、身份证（户口簿）、《儿童白血病、先天性心脏病申请转诊单》到定点救治医院。定点救治医院审查相关材料，确认患者符合试点重大疾病救治条件。对于符合条件的患者，定点医疗机构收治入院。
（三）预付费用。患者凭入院通知单办理入院手续，按定额支付标准的30%（医疗救助对象按照定额标准的10%）一次或分次缴纳个人应付的住院费用。
