先天性疾病包括唇裂和腭裂、脊柱裂、马蹄内翻足、漏斗胸等46种疾病；诊疗项目包括韦氏儿童智力测查、新生儿暖箱、先天性脊柱侧弯脊柱融合术、永存动脉干修复术等90项；小儿感冒颗粒、小儿感冒宁糖浆、小儿退热口服液、小儿生血糖浆等31种常用中成药，葡萄糖氯化钠钾、阿莫西林等40多种常用西药都纳入了报销范围。
根据规定，补充报销范围注明具体限制使用的，参加学生儿童大病医疗保险人员执行注明的具体限制使用规定；补充报销范围药品没有注明具体年龄限制使用规定的，一律限制为14周岁以下参保人员使用。参保人员超出限制使用规定发生的医疗费用，学生儿童大病医疗保险基金不予支付。
补充报销范围药品使用异型包装或生活用品做包装的，其费用学生儿童大病医疗保险基金不予支付。参保人员出院携带药品执行基本医疗保险规定，超出规定携带的药品费用学生儿童大病医疗保险基金不予支付。参保人员使用北京市基本医疗保险报销范围中的诊疗项目、药品，执行基本医疗保险的使用规定。
先天性疾病
1、脊柱裂
2、脊髓纵裂
3、鳃裂窦、瘘和囊肿
4、耳前窦道和囊肿
5、唇裂和腭裂
6、食管闭锁，不伴有瘘
7、先天性气管食管瘘，不伴有闭锁
8、先天性肥大性幽门狭窄
9、先天性裂孔疝
10、小肠先天性缺如、闭锁和狭窄
