另一种是由政府统一制度、统一政策、统一监管的少儿学生基本医保制度，属于社会保障性质的基本保障制度，主要将住院和门诊大病列为保障内容，化解大病重病风险。这是由2006年9月1日起新施行的制度，参保对象为具有本市户籍，年龄在18周岁以下的人员，年龄在18周岁至20周岁在各类中等学校(含高中、中专、技校、职校和特殊学校)就读的在册学生及年龄在20周岁以下的复读生等。此外，经上海市人事部门批准、持有《上海市居住证》的来沪工作人员的适龄子女，以及符合本市公安部门的有关规定，父母一方是本市户籍，目前尚未报入本市户籍的学龄前婴幼儿也可参照参加少儿学生基本医保制度。
保障对象发生的住院医疗费用，以及白血病、血友病、再生障碍性贫血、恶性肿瘤放疗和化疗、肾移植前透析治疗和手术后抗排异治疗等专科门诊(简称“门诊大病”)医疗费用，由保障基金支付50%。
凡参加少儿住院医疗互助基金的对象，发生的住院和门诊大病医疗费，先由少儿学生基本医疗保障基金报销一半，其余医疗费用由少儿住院医疗互助基金给予支付。
