一是由劳动调解组织主持下达成的赔偿协议。对此应认定其有效，因为我国法律法规规章确立的劳动调解组织的性质，均是以保护劳动者合法权益作为前提的，作为有权协调的组织，在其主持下形成的协议一般情况下较少出现违法或不合理的情形。同时，支持这些劳动调解组织达成协议的效力，更有利于发挥这类组织的调解功能与维稳作用，从而达到将纠纷化解在基层，矛盾消除在萌芽状态的良好效果。
二是由人民调解组织主持下达成的赔偿协议。最高人民法院《关于审理涉及人民调解协议的民事案件的若干规定》第1条规定，经人民调解委员会调解达成的，有民事权利义务内容，并由双方当事人签字或者盖章的调解协议，具有民事合同性质。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除调解协议。根据《劳动争议仲裁调解法》的规定，劳动者可以就工伤医疗费向人民法院申请支付令，人民法院认为符合法律规定的应当发出支付令。所以对人民调解委员会组织协调的工伤赔偿协议，我们应当依照《合同法》规定的有效无效的情形进行审查。
三是地方组织参与协调下达成的赔偿协议。目前为了构建社会主义和谐社会，社会大调解格局逐步形成，一些地方组织开始参与协调社会矛盾，从而形成多元化的纠纷解决机制。对这类组织参与协调形成的赔偿协议，若经过劳动争议仲裁委员会的确认，形成调解书，则法律赋予其与裁判法律文书效力一致的执行力，即当事人可以据此向法院申请强制执行，法院应当受理。
需要说明的是，如果达成协议后发现赔偿协议存在问题，而此时工伤认定申请或仲裁申请时效已过，怎么办？笔者认为，只要双方同意协商，此时的时效应当中断，在达成或者不能达成协议的情况下，如仍在工伤申请期内，当事人均可申请工伤认定或者申请仲裁。因为《劳动争议调解仲裁法》第27条规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
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