2、事业单位转制改企所需支付的成本较大，特别是地方社保资金要为此承担的资金和责任都较重，对一些市县来说造成的冲击比较大。
3、对过去已经转制的事业单位，养老保险仍然按照原定政策不变，虽然避免了政策上的翻烧饼，但引起的新矛盾并没有得到解决。
4、对几类比较特殊的事业单位如农（林）场、种子园艺场，招待所等，现行政策还不能够很好的适应其改革改制工作，另外过去一些执行了事业单位工资制度的企业，也要求享受这项政策。
事业单位转制是一项很重要的工作，今后进一步做好这项工作的思路是：
1、将转制改企养老保险工作要与下一步事业单位体制改革相结合，在建立事业单位养老保险制度的同时研究转制养老保险政策完善问题。要把企业养老保险政策，事业单位养老保险政策，事业单位转企养老保险政策相互联系起来通盘考虑，在不同的制度之间设计相互衔接的办法。
2、结合事业单位改革的实际情况，对目前转制工作进程当中尚未解决好的以及遇到的新问题进一步加强调查研究，适时调整和完善政策。特别是要结合分配制度改革的进程来抓紧建立事业、企业之间大体相当的养老金调整机制，在二次分配领域注重公平因素。
3、加强对各地执行政策情况的指导，帮助地方解决实际工作中的问题，在实践中对转制政策不断加以完善。
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