事业单位养老保险存在着以下几个方面的问题：
个人养老保险缴费比例及个人账户不健全
目前，各地机关事业单位个人缴费比例为2%~8%，多数地方在2%左右。不少地方不建立个人账户，而企业养老保险统一从1996年1月开始建立个人账户，个人缴费比例为8%，个人账户划入比例为11%。这种缴费比例和个人账户的不统一，造成机关、事业单位与企业人员在流动过程中养老保险关系难以衔接，影响了人才正常流动。
征收基数、比例不统一
基数方面，有的地方按人事部门核定的档案工资为基数征收，有的地方按工资总额为基数征收，有的地方执行“双基数”，有的按“单基数”征收。
比例方面，从全国试点地方看，有的高达40%，甚至更高，而有的只有20%左右，多数在25%～33%。现行制度规定，凡缴费满15年即可享受养老金待遇。执行中，企业改制解除劳动关系人员普遍认为缴费满15年就可不缴费，导致缴费中断，给收缴工作带来极大困难。缴费满15年都可享受社会平均工资20%替代率的养老金，使缴费和待遇挂钩的激励作用不明显，在享受同等替代率养老金的前提下，参保人员千方百计地少缴费和不缴费。
覆盖面小，社会统筹水平低，保险基金负担沉重
按现行政策规定，目前启动的机关事业单位养老保险的参保对象只包括机关事业单位的合同制工人、乡镇聘用制干部和自收自支事业单位的全体工作人员，这相对于全部的机关事业单位工作人员而言，其覆盖面太小。并且自1996年8月启动以后，新参加养老保险的工作人员较少，而退休人员逐渐增多。据预测，到2010年，事业单位的工作人员将进入一个退休高峰，因此随着时间的推移，养老保险基金将出现入不敷出的状况；
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