实行基本药物制度的县 (市、区)，政府举办的基层医疗卫生机构配备使用的基本药物实行零差率销售。而在上海“零差率”政策已经覆盖到全市社区卫生服务中心。
复旦大学公共卫生学院教授胡善联指出，全市社区卫生服务中心全部实施基本药品“零差率”，166种基本药品按实际进价向患者收取费用，不再加价15%。
2020年实现全国城乡覆盖
根据规定，2009年每个省(区、市)在30%的政府办城市社区卫生服务机构和县(基层医疗卫生机构)实施基本药物制度，包括实行省级集中网上公开招标采购、统一配送，全部配备使用基本药物并实现零差率销售。
到2011年，初步建立国家基本药物制度；到2020年，全面实施规范的、覆盖城乡的国家基本药物制度。
基层医疗卫生机构配备和使用基本药物并不代表要配齐基本药物目录中所有的基本药物。卫生部政策法规司政策研究室主任石光指出，基层医疗机构可以根据需要配备。不过，基层医生开药必须使用基本药物目录中的药品。
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