三种药品目录在实际应用中，由于地方保护主义和不同区域经济差异带来的目录间的矛盾愈来愈突出，已经影响到药品目录的科学性、合理性和经济性。如一些地方的“新农合”医保目录，部分纳入药品的性价指标综合水平甚至超过了基本医保目录药品范围，不但没有给农民医保带来实惠，反而增加了就医负担；基本药物目录与“新农合”医保目录出现新矛盾。这些问题均值得相关部门重视。

　　目录施行存在偏差

　　一是基本药物目录地方增补差异较大。由于国家基本药物制度实施意见中并没有规定地方基本药物增补比例限制，部分省区增补的基本药物远远超过了最早酝酿提出的5%的比例和地方基本医保目录增补15%的比例。其中，江苏增补282种，浙江增补200种，山东增补216种，安徽增补286种，福建增补148种。

　　增补品种也存在较大差异，例如浙江、江苏增补的大环内酯类抗生素为乙酰螺旋霉素；山东、福建增补的大环内酯类抗生素则为阿奇霉素、罗红霉素和克拉霉素等。中西部地区省份大都尚未增加地方基本药物目录。不同区域差异较大的基本药物地方目录，将给今后的医保报销和财政补助带来难以调控的困难，同时也不利于药品流通市场秩序的规范和管理。

　　二是地方基本医保目录管理不规范。国家基本医保目录凡例明确规定化学药品名称统一使用通用名。然而，部分地方仍旧存在异名库现象，增加商品名或商标名限制，影响了医药市场的公平竞争。

　　三是“新农合”医保目录管理质量参差不齐。由于“新农合”医保目录不像基本药物目录和基本医保目录一样有国家统一管理标准，而是各省级卫生部门自行制定，结果是管理质量参差不齐。

　　表现为目录范围“千变万化”：

　　有的将国家和地方非基本医疗保险目录的新药列入，疗效虽然显著，但价格不菲；目录术语各不相同，有的将属于氨基糖甙类抗生素的小诺霉素列入大环内酯类抗生素，有的将四代头孢抗生素头孢噻利列入三代，一方面影响了“新农合”医保目录的严肃性，另一方面也增加了“新农合”医保的负担。

　　四是基本药物增补目录与“新农合”医保目录出现矛盾。大部分省份“新农合”医保目录中村级诊所和乡镇卫生院用药目录数量在700~800个品种，远远多于国家基本药物目录和地方基本药物增补目录数量。

　　如果按照基本药物制度实施要求，乡镇医院以下卫生机构只能使用国家基本药物目录307种药品和地方增补的200多种药品共计500多种，则很多列入“新农合”医保目录的药品村级诊所和乡镇卫生院将没有资格使用。