国务院医改办公室已明确要求，要进一步明确县级政府是基层机构改革的主要实施者。从6月份开始，集中2个-3个月推进综合改革，初步建立起新的运行机制。
“确保医务人员收入有所提高”
孙志刚表示，新机制的内涵丰富，5方面内容不可或缺。
建立公益性的管理体制。政府办的基层医疗机构是非营利的公益性事业单位，其举办和发展费用由政府负责，运行费用通过服务收费和多渠道补偿承担。在人事管理上，根据基层医疗卫生机构服务功能和实际工作量合理确定编制人数、动态调整，定编定岗不定人。
建立竞争性的用人机制。院长的选拔要公开公平竞争，择优聘任，并实行任期目标责任制。
建立激励性的分配机制。对基层医疗机构，建立以服务数量、质量、效果和居民满意度为核心，公开透明、动态跟踪的工作考核机制，考核结果与经费补助挂钩。
建立规范性的药品采购机制。基层医疗卫生机构取消药品加成，实行零差率销售。
建立长效性的多渠道补偿机制。确保医务人员收入不仅不下降，还有所提高。
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