首先是临床路径执行不便，既加重医生和护士的工作负担，又难以确保较高的执行率；其次是难以触及复杂的病例；第三，文件系统复杂。此外，纸质版临床路径缺少病种信息集成和分析，且监管滞后。
“为解决这个问题，我们花了两年时间建立了一套学习型临床路径管理应用信息系统。”北大人民医院院长王杉告诉本报记者，这套管理系统将工作流程表格化、医嘱信息菜单化，为治疗、护理及质量监控建立了一个信息平台。
根据国际管理经验，实行DRGs后，还可能出现医生诱导患者住院、手术，或者分次诊疗赚取不正当利益等行为。王杉介绍，北大人民医院针对这个问题建立了全程质控系统和与收支结余脱钩的绩效奖励措施。
质控系统包括事前提醒、事中监测和事后检查三个部分，共设88个质控点。例如对三日确诊、术前住院日、医院感染等指标可及时采集、反馈，实现环节控制。而在考核方面则建立了个性化的以工作效率为主的考核指标和考核周期。例如，内科系统主要考核出院人次与主要病种出院人次。
医院、医保利益需调整
按病种付费需要医院利益再调整，医疗保险部门的权力和利益也需改变
按病种付费需要医院在技术方面做大量的准备工作，也需要对医院与医保部门之间关系进行重构。
中国经济体制改革研究会公共政策研究中心的研究报告指出，按病种付费需要医院的利益再调整，也关系到医疗保险部门的权力和部门利益的改变，因此按病种付费改革需要相关部门的密切配合。
“确定每个病种付费的标准非常关键。”周子君说，“一方面要达到合理控制医疗费用的目的，另一方面又要体现医疗服务和医务人员的劳动价值，鼓励他们的积极性。”
前述研究报告认为，医疗机构和医保部门之间的博弈过程，需要经过两三年乃至更长的时间才能实现均衡，不可能在短期内一蹴而就。
按病种付费制度改变了医保部门在按项目付费中后置的地位，朱恒鹏认为，该制度本身是强化了医保部门对医疗机构的监督作用。在此意义上讲，对医保部门提出了新的要求。
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