医改意见的起草制定是汇集民智的过程，也是观点交锋的过程。其中政府主导还是市场化是争论的焦点之一。
2007年3月，接受委托后，关于医改的争论在未名湖畔“引燃”。由校领导牵头，北大成立了一个由社会学、经济学、医学等各专业专家组成的研究小组，小组内部争议激烈，争论的主题就定格在“市场与政府的角色定位”。
“不管是哪种观点，大家都一致认为，医改既要明确原则和目标，同时还要具有可操作性。”北京大学教授李玲说，“不可否认，争议是一个互相促进的过程，也是一个深化认识的过程。”
针对医药分开、公立医院改革、国家基本药物制度等多个重点难点问题，医改工作小组进行了逐一的讨论。“大家各自阐明观点，沟通思路，讨论非常激烈，但目标都是一致的，那就是如何更好地保障人民的健康。”卫生部政策法规司司长、工作小组办公室副主任刘新明说。
同时，工作小组还大量收集国外医疗卫生制度情况。在工作小组办公室的书桌上，一张报纸大小的表格上面罗列了亚洲、美洲和欧洲等地数十个国家和地区医药卫生体制的主要特点。
谈起医改意见制定过程，一位参与起草的政府官员说：“记不清楚文稿修改了多少次，每一个字每一句话都十分慎重。有时候为了一句话能争上一天。最后意见稿出来后，改稿的资料加起来足有1米多高。”
一次次的座谈，一次次的讨论，一次次的修改，医改意见框架逐渐明晰……2007年9月，工作小组完成了关于深化医药卫生体制改革的总体方案初稿。
2008年10月14日，《关于深化医药卫生体制改革的意见(征求意见稿)》全文公布，公开向全社会征求意见。一个月内就收到了来自各界的约3.6万条建议和意见，掀起了又一轮的新医改争论高潮。
“不少真知灼见，被吸纳进医改意见中。”发展改革委社会发展司司长、工作小组办公室主任胡祖才说，工作小组认真研究吸纳群众意见，进行了130余处修改。大量来自城乡基层的意见被方案吸收，如农民工医保转移接续问题、大病救助制度等。至此，医改意见已经修改了十几稿。
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