三、存在的主要问题
我国基本医疗保险制度对适应经济体制改革的需求，保障居民的基本医疗需求，控制医疗费用的增长，发挥了重要作用，但同时也存在一些问题。
（一）统筹层次的问题。除京津沪外，大多数地方城镇职工基本医疗保险仍以县级统筹为主，统筹层次较低，一方面异地就医受到严格限制，也给医疗保险的结算带来不便，另一方面造成保险基金抗风险能力差。同时，由于统筹层次低，封闭运行的基金数目繁多，虽然医疗保险基金结余总数较多，累计2000亿元，但分散到各统筹地区的基金中，平均每个基金结余不足1亿元，很有限，造成基金使用效率低下，不符合医疗保险现收现付的原则。
然而要改变统筹层次确有很多困难，一是我国实行省直管县的财政体制，统筹层次受财政体制制约，基金的收支管理与其直接有关。目前地级统筹的区域，都受到不同程度的影响，实现省级统筹尚有很大困难，实现全国统筹，短时间恐怕做不到。二是提升统筹层次后，地区差距问题将会显现，同一统筹区域内，相对贫穷地区的医疗保险费将转而支付给相对富裕地区，另外，由于医疗资源不平衡，还会产生享受医疗保险待遇的公平性问题。
（二）扩大参保范围中存在的问题。基本医疗保险制度理论上应当覆盖全体公民，目前实际覆盖率还很低，城镇职工2.7亿，参保1.8亿；城镇非从业居民2.4亿，参保3千多万；农村居民7.6亿，新农合制度刚刚开始实施。在扩大参保范围工作中存在以下问题：一是目前效益好的企业和机关事业单位中，仍有10%未参加城镇职工基本医疗保险；二是约700万改制过程中的退休人员的保险问题还未得到妥善解决；三是还需研究建立适合灵活就业人员和农民工特点的医疗保险政策。
（三）其他问题。如城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险以及新农村合作医疗之间制度以及人员的衔接问题；异地就医的问题，关键是城镇职工异地退休后的就医、医疗保险管理问题；对老年人、门诊慢病医疗费用的解决办法等，都需要研究解决。
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